<u>タグは、暗黙的な注釈を含むテキストを表す際に使用します。
WHATWGの仕様によれば、
u要素は明確には表現されていないが、明示的にレンダリングされたテキスト以外の注釈を含むテキストのスパンを表す
ということになります。
つまり、何か含みのあるテキスト部分ではあるが、その含みをあえて表示するほどでもない…
というほどの意味合いと思われます。
例えば、スペルミスの部分をu要素でマークアップしたり、中国語の固有名詞の部分をu要素でマークアップしたり、といった使い方が想定されています。
以下のサンプルでは、単語のスペルミスをu要素でマークアップしています。
（seeではなくてseaですよ）というほどの暗黙的な注釈です。
<p>The <u>see</u> is full of fish.</p>The see is full of fish.
u要素は、他に適切な要素がない場合の最終手段として使用するべき要素です。
ほとんどの場合、u要素より他の要素の方が適切である可能性が高いです。
例えば、強勢や強調を表すにはem要素を使用します。
キーワードやフレーズをマークアップするにはコンテキストに応じてb要素、
または、mark要素を使用します。
本のタイトルをマークアップするにはcite要素を使用します。
明示的なテキスト注釈を付けるにはruby要素を使用します。
専門用語、分類上の指定、音訳、思想、外国船の名前などをマークアップするにはi要素を使用します。
一般的なブラウザでは、u要素に指定されたテキストにはアンダーライン（下線）を付けて表示されます。
そのため、ハイパーリンクの下線と混同されそうな場面では、u要素の使用を避けることが推奨されています。